عملکرد چهار روش تقویت اسید نوکلئیک برای شناسایی SARS-COV-2 در اتیوپی

با تشکر از شما برای بازدید از Nature.com. شما از نسخه مرورگر با پشتیبانی محدود CSS استفاده می کنید. برای بهترین تجربه ، توصیه می کنیم از یک مرورگر به روز شده استفاده کنید (یا حالت سازگاری را در اینترنت اکسپلورر غیرفعال کنید). علاوه بر این ، برای اطمینان از پشتیبانی مداوم ، سایت را بدون سبک و جاوا اسکریپت نشان می دهیم.
چرخ فلک سه اسلاید را به طور همزمان نشان می دهد. از دکمه های قبلی و بعدی استفاده کنید تا از طریق سه اسلاید به طور همزمان حرکت کنید ، یا در انتها از دکمه های کشویی استفاده کنید تا از طریق سه اسلاید به طور همزمان حرکت کنید.
از زمان شیوع بیماری Coronavirus 2019 (COVID-19) ، بسیاری از آزمایشات تقویت کننده اسید نوکلئیک تجاری (NAATS) در سراسر جهان توسعه یافته و به روشهای استاندارد تبدیل شده اند. اگرچه چندین آزمایش به سرعت توسعه یافته و در آزمایشات تشخیصی آزمایشگاهی اعمال شده است ، اما عملکرد این آزمایشات در تنظیمات مختلف ارزیابی نشده است. بنابراین ، این مطالعه با هدف ارزیابی عملکرد Abbott SARS-COV-2 ، ژن Daan ، BGI و سنجش های بیوتکنولوژی Sansure با استفاده از استاندارد مرجع کامپوزیت (CRS) انجام شد. این مطالعه در موسسه بهداشت عمومی اتیوپی (EPHI) از 1 تا 30 دسامبر 2020 انجام شد. 164 نمونه نازوفارنژال با استفاده از کیت MINI QIAAMP RNA و سیستم آماده سازی نمونه DNA Abbott استخراج شد. از 164 نمونه ، 59.1 ٪ مثبت و 9 /40 ٪ برای CRS منفی بودند. مثبت بودن بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی کم بود (P <0.05). مثبت بودن بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی کم بود (P <0.05). полжительные резальтаты Sansure Biotech ыыπи значителье по сRаВнению с Crs (P <0،05). نتایج مثبت بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی پایین بود (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。 شما biotech sansure ыыло значительно менше полжительных резалтатов пre сre as (p <0.05). بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS نتایج مثبت قابل توجهی کمتر داشت (P <0.05).توافق کلی چهار تجزیه و تحلیل در مقایسه با CRS 96.3-100 ٪ بود. علاوه بر میزان مثبت مثبت روش بیوتکنولوژی Sansure ، عملکرد چهار روش تقریباً قابل مقایسه بود. به همین ترتیب ، روش Sansure Biotech [فقط تحقیقات (RUO)] برای استفاده از آن در اتیوپی نیاز به اعتبار بیشتری دارد. سرانجام ، تحقیقات اضافی باید برای ارزیابی سنجش با ادعاهای سازنده مناسب در نظر گرفته شود.
آزمایش آزمایشگاهی بخشی از برنامه استراتژیک سازمان بهداشت جهانی (WHO) برای آمادگی و پاسخ (COVID-19) (COVID-19) است. کسی که توصیه می کند کشورها برای بهبود آمادگی ، مدیریت مناسب پرونده ، هوشیاری و پاسخ سریع به چالش های بهداشت عمومی نیاز به ایجاد ظرفیت آزمایشگاهی دارند. این نشان می دهد که نقش آزمایشگاه برای توصیف بیماری و اپیدمیولوژی عوامل عفونی در حال ظهور و کنترل شیوع آنها مهم است.
تشخیص COVID-19 به اطلاعات اپیدمیولوژیک و پزشکی ، علائم/علائم شخصی و داده های رادیوگرافی و آزمایشگاهی نیاز دارد. از آنجا که شیوع COVID-19 در ووهان ، چین گزارش شده است ، بسیاری از آزمایشات تقویت کننده اسید نوکلئیک تجاری (NAATS) در سراسر جهان توسعه یافته اند. واکنش زنجیره ای پلیمراز رونویسی معکوس در زمان واقعی (RRT-PCR) به عنوان یک روش روتین و استاندارد برای تشخیص آزمایشگاهی سندرم حاد تنفسی شدید 2 (SARS-COV-2) 3 عفونت استفاده شده است. تشخیص مولکولی SARS-COV-2 به طور معمول بر اساس ژن های N (ژن پروتئین نوکلکپسید) ، E (ژن پروتئین پاکت) و ژن RDRP (ژن RNA پلیمراز وابسته به RNA) در ORF1A/B (قاب خواندن باز 1A/B) است. ژن) منطقه مشخص شده از ژنوم ویروسی. آنها به عنوان اصلی ترین مناطق محافظت شده در ژنوم ویروسی برای تشخیص ویروس 4 در نظر گرفته می شوند. در بین این ژن ها ، ژنهای RDRP و E دارای حساسیت تشخیص تحلیلی بالایی هستند ، در حالی که ژن N دارای حساسیت تحلیلی کم 5 است.
عملکرد سنجش PCR بسته به عوامل مختلفی از جمله: معرفهای استخراج ، معرفهای تقویت/تشخیص ، روش استخراج ، کیفیت دستگاه PCR و سایر ابزارها ممکن است متفاوت باشد. از آوریل 2020 ، بیش از 48 دستگاه تشخیصی مختلف از نه کشور برای تشخیص COVID-196 مجوز استفاده اضطراری (EUA) دریافت کرده اند. در اتیوپی ، بیش از 14 سیستم عامل PCR در زمان واقعی برای تشخیص PCR SARS-COV-2 در 26 موسسه بهداشت عمومی ، از جمله ABI 7500 ، Abbott M2000 ، Roche 48000 و Quant-Studio7 استفاده می شود. علاوه بر این ، کیت های مختلف تست PCR مانند تست ژن Daan ، تست Abbott SARS-COV-2 ، تست بیوتکنولوژی Sansure و تست SARS-COV-2 BGI در دسترس است. اگرچه RRT-PCR بسیار حساس است ، اما برخی از بیماران مبتلا به COVID-19 نتایج منفی کاذب را به دلیل کپی کافی از اسید ریبونوکلئیک ویروسی (RNA) در نمونه ها به دلیل جمع آوری نادرست ، حمل و نقل ، ذخیره سازی و کاربری و آزمایش آزمایشگاهی گزارش می دهند. شرایط و اقدامات پرسنل 8. علاوه بر این ، تنظیم نمونه یا کنترل ، تنظیم آستانه چرخه (CT) و واکنش متقابل با سایر اسیدهای نوکلئیک بیماری زا یا RNA غیرفعال/باقیمانده RNA می تواند منجر به نتایج مثبت کاذب در سنجش RRT-PCR9 شود. بنابراین ، واضح است که آزمایش های PCR در واقع می توانند حامل های قطعات ژن را شناسایی کنند ، زیرا حتی نمی توانند بین ژنهای ویروسی واقعاً فعال تمایز قائل شوند ، بنابراین آزمایش ها فقط می توانند حامل ها را شناسایی کنند و نه بیماران. بنابراین ، ارزیابی عملکرد تشخیصی با استفاده از روشهای استاندارد در تنظیمات ما مهم است. اگرچه بسیاری از معرفهای NAAT در انستیتوی بهداشت عمومی اتیوپی (EPHI) و در سراسر کشور در دسترس هستند ، اما هنوز هیچ ارزیابی مقایسه ای از اثربخشی آنها گزارش نشده است. بنابراین ، این مطالعه با هدف ارزیابی عملکرد مقایسه ای کیت های تجاری در دسترس برای تشخیص SARS-COV-2 توسط RRT-PCR با استفاده از نمونه های بالینی انجام شد.
در کل 164 شرکت کننده با مشکوک COVID-19 در این مطالعه قرار گرفتند. اکثر نمونه ها از مراکز درمانی (118/164 = 72 ٪) بودند ، در حالی که 46 نفر (28 ٪) شرکت کننده از مراکز غیر درمانی بودند. در بین شرکت کنندگان که در این مرکز تحت معالجه قرار نگرفته اند ، 15 نفر (1 /9 ٪) موارد مشکوک بالینی و 31 نفر (9 /18 ٪) تماس با موارد تأیید شده داشتند. نود و سه (56.7 ٪) شرکت کنندگان مرد بودند و میانگین سن (± SD) شرکت کنندگان 10.10 سال (11.82) سال بود.
در این مطالعه ، نرخ مثبت و منفی چهار آزمون برای COVID-19 تعیین شد. بنابراین ، نرخ مثبت سنجش Abbott SARS-COV-2 ، روش Daan Gene 2019-NCOV ، سنجش SARS-COV-2 BGI ، و Sansure Biotech 2019-NCOV به ترتیب 59.1 ٪ ، 58.5 ٪ ، 57.9 ٪ و 55.5 ٪ بود. نمرات استاندارد مرجع کامپوزیت مثبت و منفی (CRS) به ترتیب 97 (59.1 ٪) و 67 (9 /40 ٪) بود (جدول 1). در این مطالعه ، تعریف CRS بر اساس قانون "هر مثبت" انجام شده است ، به موجب آن از چهار نتیجه آزمون ، دو یا چند نتیجه آزمون که نتیجه یکسان را نشان می دهد مثبت یا منفی تلقی می شود.
در این مطالعه ، ما یک توافق درصد منفی (NPA) از 100 ٪ (95 ٪ CI 94.6-100) برای کلیه تجزیه و تحلیل ها در مقایسه با CRS پیدا کردیم. تجزیه و تحلیل بیوتکنولوژی Sansure حداقل PPA 93.8 ٪ (95 ٪ CI 87.2-97.1) را نشان داد و تجزیه و تحلیل ژن Daan 2019-NCOV توافق کلی 99.4 ٪ (95 ٪ CI 96.6-99.9) داشت. در مقابل ، توافق کلی بین سنجش SARS-COV-2 BGI و روش Sansure Biotech 2019-NCOV به ترتیب 98.8 ٪ و 96.3 ٪ بود (جدول 2).
ضریب توافق Kappa کوهن بین CRS و نتایج سنجش Abbott SARS-COV-2 کاملاً سازگار بود (K = 1.00). به طور مشابه ، مقادیر Kappa Cohen شناسایی شده توسط Daan Gene 2019-NCOV ، SARS-COV-2 BGI و Sansure Biotech 2019-NCOV نیز کاملاً با CRS سازگار هستند (0.925 K). در این تجزیه و تحلیل تطبیقی ​​، آزمون مجذور کای (آزمون McNemar) نشان داد که نتایج روش Sansure Biotech 2019-NCOV با نتایج CRS تفاوت معنی داری دارد (P = 0.031) (جدول 2).
همانطور که در شکل نشان داده شده است.1 درصد کمترین مقدار CT (<20 ct) از روش Abbott SARS-COV-2 (RDRP و ژن N) 87.6 ٪ و ژن ORF1A/B CT مقدار CT Sansure 2019-NCOV نشان داد که درصد مقدار کم CT (<20 ct) با ارزش CT (20 ct) 3.3 ٪ و مقدار CT High CT (36-40 CT) بود (36-40 CT). 1 درصد کمترین مقدار CT (<20 ct) از روش Abbott SARS-COV-2 (RDRP و ژن N) 87.6 ٪ و ژن ORF1A/B CT مقدار CT Sansure 2019-NCOV نشان داد که درصد مقدار کم CT (<20 ct) با ارزش CT (20 ct) 3.3 ٪ و مقدار CT High CT (36-40 CT) بود (36-40 CT).همانطور که در شکل نشان داده شده است.1 ، процент наиреншеروری значения ct (<20 ct) анализа abbott sars-cov-2 (коиинированный ген n) сотаи* сгаар 87،6 ٪ ، orf1a/b аализа sansure biotech 2019-ncov показаارم что процент ннизкор значения ct (<20 ct) 36 с с з з з з з з з з as з ы as з ы as з з as з з з з as з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з توانند 3،2 ٪. 1 ، درصد کمترین مقدار CT (<20 ct) تجزیه و تحلیل Abbott SARS-COV-2 (ژن ترکیبی RDRP و N) 87.6 ٪ بود ، و مقدار CT تجزیه و تحلیل ژن ORF1A/B از Sansure Biotech 2019-NCOV نشان داد که درصد مقدار کم CT (<20 ct) CT (36-CT) به حساب می آیند (36-4) (36-4) (36-4)如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 همانطور که در شکل 1 نشان داده شده است ، کمترین درصد مقدار CT (<20 ct) تست Abbott SARS-COV-2 (ترکیبی از RDRP و ژن N) 87.6 ٪ است ، ژن ORF1A/B مقدار CT Sansure 2019-Ncov CT 值 (<20 ct) درصد 的 درصد CT (36-CT) IGE 50.3 ٪ ، 高 CC (36-). как показано на ра ранууее 1 ، аанаоз abbott sars-cov-2 (сочетающий rdrp и n) letrел саr оакое пrect ase) разере 87،6 ٪ ، значение ct гена orf1a/b иссоонии Sansure Biotech 2019- анализ ncov показаارم. همانطور که در شکل 1 نشان داده شده است ، روش Abbott SARS-COV-2 (ترکیب ژنهای RDRP و N) کمترین درصد CT (<20 CT) را در 87.6 ٪ داشت ، در حالی که مقدار CT ژن ORF1A/B در مطالعه Sansure Biotech 2019-تجزیه و تحلیل NCOV کم CT را نشان داد. процент значений (<20 ct) соsтre 50،3 ٪ ، а процент Высоких значений CT (36-40 ct) сосتاب 3،2 ٪. درصد مقادیر (<20 سی تی) 50.3 ٪ و درصد مقادیر بالای CT (36-40 CT) 3.2 ٪ بود.آزمون Abbott SARS-COV-2 B مقادیر CT را بالاتر از 30 ثبت کرد. از طرف دیگر ، از نظر سنجش BGI SARS-COV-2 ORF1A/B ژن دارای مقدار CT بالا (> 36 CT) درصد 4 ٪ بود (شکل 1). از طرف دیگر ، از نظر سنجش BGI SARS-COV-2 ORF1A/B ژن دارای مقدار CT بالا (> 36 CT) درصد 4 ٪ بود (شکل 1). с с д стороыы ، в анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b ыыысое значе ct (> 36 ct) ، процент кre le از طرف دیگر ، در تجزیه و تحلیل ژن BGI SARS-COV-2 ORF1A/B مقدار CT بالایی (> 36 CT) داشت که درصد آن 4 ٪ بود (شکل 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值> 36 ct） 的百分比为 4 ٪ （图 1）。。 از طرف دیگر ، در تشخیص BGI SARS-COV-2 ، درصد ژن ORF1A/B با مقدار CT بالا (> 36 CT) 4 ٪ است (شکل 1). с с д стороры ، в анализе bgi sars-cov-2 пенов orf1a/b с сыыыыыи ззначениям (> 36 ct) соиааии ззыыыц с с сзыыы с с сыыыце (> 36 ct) از طرف دیگر ، در تجزیه و تحلیل BGI SARS-COV-2 ، درصد ژنهای ORF1A/B با مقادیر CT بالا (> 36 CT) 4 ٪ بود (شکل 1).
در این مطالعه 164 نمونه نازوفارنژال گرفتیم. برای انواع سنجش ، جداسازی RNA و تقویت با استفاده از روش ها و کیت های توصیه شده توسط تولید کنندگان مربوطه انجام شد.
این مطالعه نشان داد که آزمایش Abbott برای SARS-COV-2 عملکرد مشابهی با CRS دارد ، با 100 ٪ مثبت ، منفی و کلی مطابقت دارد. توافق نامه Kappa کوهن 1.00 است که نشانگر توافق کامل با CRS است. یک مطالعه مشابه توسط دانشگاه واشنگتن در ایالات متحده نشان داد که حساسیت و ویژگی کلی آزمون Abbott برای SARS-COV-2 به ترتیب 93 ٪ و 100 ٪ ، در مقایسه با روش تعیین شده آزمایشگاهی (LDA) CDC بود. 11. سیستم تشخیص Abbott SARS-COV-2 بر اساس تشخیص همزمان ژنهای N و RDRP است ، زیرا هر دو ژن حساس تر هستند و منفی های کاذب 12 را به حداقل می رسانند. یک مطالعه در وین ، اتریش همچنین نشان داد که حجم نمونه های نمونه استخراج بزرگ و حجم های تشخیصی ، اثرات رقیق سازی را به حداقل می رساند و باعث افزایش کارایی تشخیص 13 می شود. بنابراین ، مطابقت کامل ابوت برای سنجش SARS-COV-2 می تواند با یک سیستم تشخیص سکو همراه باشد که همزمان ژن های ترکیبی را تشخیص می دهد ، تعداد زیادی نمونه (0.5 میلی لیتر) را استخراج می کند و از مقدار زیادی از الوره (40 میکرولیتر) استفاده می کند.
نتایج ما همچنین نشان داد که عملکرد تشخیص آزمایش ژنتیکی DAAN تقریباً مشابه CRS است. این با یک مطالعه 14 که در دانشگاه آنهویی در هوائینان ، چین انجام شده است ، و ادعای تولید کننده از توافق 100 ٪ مثبت است. علیرغم گزارش نتایج مداوم ، یک نمونه پس از آزمون مجدد یکسان ، منفی کاذب بود ، اما در سنجش های Abbott SARS-COV-2 و Sansure Biotech NCOV-2019 مثبت بود. این نشان می دهد که ممکن است در نتایج در انواع مختلف سنجش تنوع در نتایج وجود داشته باشد. با این وجود ، در مطالعه انجام شده در چین 15 ، نتیجه روش ژن DAAN در مقایسه با روش مرجع تعریف شده از آزمایشگاه آنها به طور معنی داری متفاوت بود (P <0.05). با این وجود ، در مطالعه انجام شده در چین 15 ، نتیجه روش ژن DAAN در مقایسه با روش مرجع تعریف شده از آزمایشگاه آنها به طور معنی داری متفاوت بود (P <0.05). теr не менее ، В исссле حوض лабораторноروری э سالن этанноروری анализа. با این حال ، در یک مطالعه در چین 15 ، نتیجه تجزیه و تحلیل ژن Daan به طور معنی داری متفاوت بود (P <0.05) از تجزیه و تحلیل مرجع آزمایشگاهی آنها.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0.05）然而 ， 15 ， ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 онако В иссследовании ، проведе جد В к китае15 ، рез arьттчесче тесе daan зачичитачитееs orsptration сравнению с е еталонны الا. با این حال ، در یک مطالعه در چین 15 ، نتایج آزمایش ژنتیکی DAAN در مقایسه با آزمایش آزمایشگاه مرجع آن به طور معنی داری متفاوت بود (P <0.05).این اختلاف ممکن است به دلیل حساسیت آزمون مرجع برای تشخیص SARS-COV-2 باشد ، و مطالعات بیشتر ممکن است برای تعیین علت مهم باشد.
علاوه بر این ، مطالعه ما عملکرد مقایسه ای سنجش SARS-COV-2 BGI با CRS را ارزیابی کرده است ، و توافق درصد مثبت مثبت (PPA = 97.9 ٪) ، توافق درصد منفی (NPA = 100 ٪) و درصد کلی توافق نامه توسط جنسیت (OPA) را نشان می دهد. ). = 98.8 ٪). مقادیر کاپا کوهن توافق خوبی را نشان داد (K = 0.975). مطالعات در هلند 16 و China15 نتایج مداوم را نشان داده اند. آزمون SARS-COV-2 BGI یک تست تشخیص ژن (ORF1A/B) با استفاده از 10 میکرولیتر تقویت/تشخیص است. با وجود توافق آماری خوب با نتایج مرجع ما ، تجزیه و تحلیل دو نمونه مثبت (1.22 ٪) از کل نمونه را از دست داد. این می تواند پیامدهای بالینی عظیمی برای پویایی انتقال در سطح بیمار و جامعه داشته باشد.
تجزیه و تحلیل تطبیقی ​​دیگر موجود در این مطالعه ، روش Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) بود. درصد کلی مسابقه 96.3 ٪ بود. قدرت توافق همچنین توسط مقدار کاپا کوهن ، که 0.925 بود ، تعیین شد و این نشانگر توافق کامل با CRS بود. باز هم ، نتایج ما با مطالعات انجام شده در دانشگاه مرکزی جنوبی در چانگشا ، چین و در بخش آزمایشگاه بالینی بیمارستان مردم لیوژو ، شهر لیوژو ، چین 17. حتی اگر تطابق آماری خوب فوق ثبت شد ، آزمون مجذور کای (آزمون Macnemar) نشان داد که نتیجه روش بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS تفاوت آماری معنی داری داشته است (P <0.005). حتی اگر تطابق آماری خوب فوق ثبت شد ، آزمون مجذور کای (آزمون Macnemar) نشان داد که نتیجه روش بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS تفاوت آماری معنی داری داشته است (P <0.005). несرار на на ، что ыафиксироно uказаное ыше хоре сте esre стыше сте сre ase . 0،005). اگرچه توافق آماری خوب در بالا ثبت شد ، آزمون مجذور کای (آزمون McNemar) نشان داد که نتیجه سنجش بیوتکنولوژی Sansure از نظر آماری تفاوت معنی داری در مقایسه با CRS دارد (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （macnemar 检验） 表明 ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0.005）。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） несرار на на оечече Выше хорошее сbes сbes ase соответствие ، критерерий хи-хадрат (кризррйййе) статистически значиarю рRазницu (P <0،005) межда анализоr Sansure Biotech و Crs. علیرغم توافق آماری خوب که در بالا ذکر شد ، آزمون مجذور کای (آزمون McNemar) تفاوت آماری معنی داری (P <0.005) بین روش بیوتکنولوژی Sansure و CRS نشان داد.شش نمونه (3.66 ٪) در مقایسه با CRS منفی کاذب بودند (جدول تکمیلی 1). این بسیار مهم است ، به خصوص با توجه به پویایی انتقال ویروس. داده های فوق همچنین از این نرخ تشخیص پایین 15 پشتیبانی می کند.
در این مطالعه ، مقادیر CT برای هر روش و پلت فرم مربوطه تعیین شد ، با کمترین مقدار CT گزارش شده در روش Abbott SARS-COV-2. این نتیجه ممکن است مربوط به سیستم آزمایش ژنتیکی همزمان همزمان Abbott برای تشخیص SARS-COV-2 باشد. بنابراین ، مطابق شکل 1 ، 6 /87 ٪ از نتایج Abbott SARS-COV-2 مقادیر CT را زیر 20 داشتند. فقط تعداد کمی از نتایج نمونه (4 /12 ٪) در محدوده 20-30 بود. مقادیر CT بالاتر از 30 ثبت نشده است. علاوه بر استفاده ابوت از قالب آزمایش ژنتیکی پانل SARS-COV-2 ، این نتیجه ممکن است به حد تشخیص پایین تر (32.5 نسخه RNA در میلی لیتر) 18 مربوط باشد ، که سه برابر کمتر از حد پایین شرکت از 100 نسخه RNA در میلی لیتر است. ML) 19.
این مطالعه محدودیت هایی دارد: در مرحله اول ، ما به دلیل کمبود منابع ، روش های استاندارد/مرجع [مانند بار ویروسی یا سایر آزمایشات آزمایشگاهی (LDA)) نداریم. دوم ، تمام نمونه های مورد استفاده در این مطالعه سواب های نازوفارنکس بودند ، در حالی که نتایج برای سایر انواع نمونه کاربردی نبود و سوم ، اندازه نمونه ما اندک بود.
این مطالعه عملکرد چهار روش RRT-PCR را برای SARS-COV-2 با استفاده از نمونه های نازوفارنژال مقایسه کرد. تمام سنجش های تشخیص عملکرد تقریباً قابل مقایسه ای داشتند ، به استثنای روش بیوتکنولوژی Sansure. علاوه بر این ، میزان مثبت مثبت در روش بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS مشخص شد (P <0.05). علاوه بر این ، میزان مثبت مثبت در روش بیوتکنولوژی Sansure در مقایسه با CRS مشخص شد (P <0.05). кроме тor тore ، в ursure sansure biotech ыыы ыыыыыыллззкий пreцент полжительых реззатов по по по по пожаа пre es (p <0). علاوه بر این ، آزمون بیوتکنولوژی Sansure درصد کمی از نتایج مثبت را در مقایسه با CRS نشان داد (P <0.05).此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。 кроایق тores ، анализ Sansure Biotech иоеа нолее низкий уровень полительыхых рre retз по по со сre сre сrections (p <0). علاوه بر این ، سنجش بیوتکنولوژی Sansure نسبت به CRS میزان مثبت پایین تری داشت (P <0.05).تجزیه و تحلیل Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) از PPA ، NPA و توافق کلی با قدرت کوهن کاپا از ارزش توافق 0.925 از 93.5 ٪ فراتر رفت. سرانجام ، سنجش بیوتکنولوژی Sansure (RUO) نیاز به اعتبار بیشتر برای استفاده در اتیوپی دارد ، و تحقیقات اضافی را باید برای ارزیابی ادعاهای تولید کنندگان فردی در نظر گرفت.
طراحی مطالعه تطبیقی ​​در چهار مرکز بهداشتی در آدیس آبابا ، بیمارستان اكا كوتبه ، مرکز درمان كلیسای هزاره ، بیمارستان یادبود Zewooditu و بیمارستان متخصص سل سنت پیتر انجام شد. داده ها بین 1 و 31 دسامبر 2020 جمع آوری شده است. امکانات پزشکی برای این مطالعه بر اساس تعداد بالای موارد آنها و در دسترس بودن مراکز درمانی مهم در شهر به طور هدفمند انتخاب شد. به طور مشابه ، سازها ، از جمله ابزارهای PCR ABI 7500 و Abbott M2000 ، مطابق توصیه های تولید کنندگان معرف NAAT انتخاب شدند و چهار کیت تشخیص PCR برای این مطالعه انتخاب شدند ، زیرا بیشتر آزمایشگاه های اتیوپی حداقل حداقل چهار مورد از آنها استفاده کردند. آزمون ژن ، تست Abbott SARS-COV-2 ، تست بیوتکنولوژی Sansure و آزمایش SARS-COV-2 BGI انجام شده در طول مطالعه).
آزمایش برای SARS-COV-2 از 1 تا 30 دسامبر 2020 با استفاده از 3 میلی لیتر محیط حمل و نقل ویروسی (VTM) (فناوری میراکلین ، شنژن ، چین) از افراد تحت بررسی COVID-19 به EPHI انجام شد. نمونه های نازوفارنکس توسط جمع کننده نمونه های آموزش دیده جمع آوری و در بسته های سه گانه به EPHI ارسال شد. قبل از جداسازی اسید نوکلئیک ، به هر نمونه یک شماره شناسایی منحصر به فرد اختصاص داده می شود. استخراج از هر نمونه بلافاصله پس از ورود با استفاده از روشهای استخراج دستی و اتوماتیک انجام می شود. بنابراین ، برای استخراج خودکار Abbott M2000 ، 1.3 میلی لیتر (از جمله 0.8 میلی لیتر حجم مرده و 0.5 میلی لیتر حجم ورودی استخراج 0.5 میلی لیتر) از نمونه از هر نمونه استخراج شد و از طریق سیستم تهیه نمونه DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plaines ، IL ، USA) عبور کرد. ) دسته ای از 96 [92 نمونه ، دو کنترل تشخیص و دو کنترل غیر متعارف (NTC)] در فرآیند کلی (بازیابی و تشخیص) دو دور SARS-COV-2 (EUA) در زمان واقعی قرار گرفت. معدن به طور مشابه ، برای استخراج دستی ، از همان نمونه ها (برای استخراج خودکار و کشف) استفاده کنید. بنابراین ، در طول فرآیند ، نمونه های 140 میکرولیتر با استفاده از کیت Mini RNA ویروسی QIAAMP (Qiagen GmbH ، هیلدن ، آلمان) در دسته های 24 (شامل 20 نمونه ، دو کنترل سنجش و دو NTC) در طی نه دور استخراج و استخراج شدند. الورهای استخراج شده دستی با استفاده از یک چرخه حرارتی ABI 7500 با استفاده از روش SARS-COV-2 BGI ، سنجش ژن Daan و روش بیوتکنولوژی Sansure تقویت و تشخیص داده شدند.
جداسازی خودکار و تصفیه RNA ویروسی SARS-COV-2 از اصل مهره مغناطیسی با استفاده از معرفهای آماده سازی نمونه DNA Abbott پیروی می کند. غیرفعال کردن نمونه ها و حلالیت ذرات ویروسی با استفاده از مواد شوینده حاوی ایزوتیوسیانات گانیدین برای انکار پروتئین و غیرفعال کردن RNase انجام می شود. RNA سپس با جداسازی فاز جامد با استفاده از سیلیس از پروتئین جدا می شود ، یعنی نمک گوانیدینیوم و pH قلیایی بافر لیز باعث اتصال اسیدهای نوکلئیک به سیلیس (SIO2) می شود. مرحله شستشو پروتئین ها و بقایای باقی مانده را برای تولید یک راه حل واضح از بین می برد. RNA شفاف از میکرو ذرات مبتنی بر سیلیس با استفاده از میدان مغناطیسی ساز 20،21 جدا شده است. از طرف دیگر ، جداسازی دستی و تصفیه RNA با استفاده از روش ستون چرخش با استفاده از سانتریفیوژ به جای یک پایه مغناطیسی و جداسازی ریزگردها از ایلون انجام می شود.
آزمون تشخیص SARS-COV-2 در زمان واقعی Abbott (Abbott Molecular ، Inc.) طبق دستورالعمل سازنده انجام شد که EUA19،22 از WHO و FDA دریافت کرد. در این پروتکل ، غیرفعال سازی نمونه قبل از استخراج در یک حمام آب در دمای 56 درجه سانتیگراد به مدت 30 دقیقه انجام شد. پس از غیرفعال کردن ویروس ، استخراج اسید نوکلئیک بر روی یک ابزار Abbott M2000 SP از 0.5 میلی لیتر VTM با استفاده از سیستم آماده سازی نمونه DNA Abbott M2000 انجام شد. به گفته سازنده تقویت و تشخیص با استفاده از یک ابزار Abbott M2000 RT-PCR انجام شد و تشخیص دوگانه برای ژنهای RDRP و N انجام شد. ROX) و VIC P (رنگ اختصاصی) برای هدف قرار دادن و تشخیص کنترل های داخلی ، امکان تشخیص همزمان هر دو محصول تقویت کننده 19 را فراهم می کند.
روش تشخیص تقویت این کیت مبتنی بر فناوری RT-PCR یک مرحله ای است. ژنهای ORF1A/B و N به عنوان مناطق حفاظت شده توسط فناوری ژن DAAN برای تشخیص تقویت منطقه هدف انتخاب شدند. آغازگرهای خاص و پروب های فلورسنت (پروب های ژن N با برچسب FAM ، پروب های ORF1A/B با برچسب VIC) برای شناسایی SARS-COV-2 RNA در نمونه ها طراحی شده اند. مخلوط های نهایی و استاد نهایی با اضافه کردن 5 میکرولیتر از الیست به 20 میکرولیتر از ترکیب اصلی به حجم نهایی 25 میکرولیتر تهیه شد. تقویت و تشخیص همزمان بر روی یک ابزار PCR ABI 750024 در زمان واقعی انجام شد.
ژنهای ORF1A/B و N با استفاده از کیت تشخیصی اسید نوکلئیک Sansure Biotech NCOV-2019 (تشخیص PCR فلورسنت) تشخیص داده شد. با انتخاب کانال FAM برای منطقه ORF1A/B و کانال ROX برای ژن N ، پروب های خاصی را برای هر ژن هدف تهیه کنید. به این کیت سنجش ، معرفهای مخلوط و مستر مخلوط به شرح زیر اضافه می شوند: 30 میکرولیتر معرف مخلوط مستر و 20 میکرولیتر نمونه شسته شده برای تشخیص/تقویت آماده کنید. در زمان واقعی PCR ABI 750025 برای تقویت/تشخیص استفاده شد.
آزمایش SARS-COV-2 BGI یک کیت RRT-PCR در زمان واقعی فلورسنت برای تشخیص COVID-19 است. منطقه هدف در منطقه ORF1A/B ژنوم SARS-COV-2 قرار دارد که یک روش تشخیص ژن واحد است. علاوه بر این ، ژن خانه داری انسان β-actin یک ژن هدف داخلی است. مخلوط اصلی با مخلوط کردن 20 میکرولیتر از معرف مخلوط مستر و 10 میکرولیتر از نمونه RNA استخراج شده در یک صفحه چاه 26 تهیه می شود. از یک ابزار PCR کمی فلورسنت ABI 7500 برای تقویت و تشخیص استفاده شد. تمام تقویت اسید نوکلئیک ، شرایط اجرای PCR برای هر روش و تفسیر نتایج مطابق دستورالعمل سازنده مربوطه انجام شد (جدول 3).
در این تجزیه و تحلیل مقایسه ای ، ما از روش استاندارد مرجع برای تعیین درصد توافق (مثبت ، منفی و کلی) و سایر پارامترهای مقایسه برای چهار تجزیه و تحلیل استفاده نکردیم. هر مقایسه آزمون با CRS انجام شد ، در این مطالعه CRS توسط قانون "هر مثبت" تعیین شد و نتیجه مشخص شد ، نه با یک آزمایش واحد ، ما حداقل از دو نتیجه آزمون همسان استفاده کردیم. علاوه بر این ، در مورد انتقال COVID-19 ، نتایج منفی کاذب خطرناک تر از نتایج مثبت کاذب است. بنابراین ، برای گفتن "مثبت" تا حد امکان از نتیجه CRS ، حداقل دو آزمون سنجش باید مثبت باشد ، به این معنی که حداقل یک نتیجه مثبت از یک روش EUA حاصل می شود. بنابراین ، از چهار نتیجه آزمون ، دو یا چند نتیجه آزمون که نتیجه یکسان را ارائه می دهند ، مثبت یا منفی 18،27 در نظر گرفته می شوند.
داده ها با استفاده از فرم های استخراج داده های ساختاری جمع آوری شد ، ورود و تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار آماری اکسل و نسخه SPSS نسخه 23.0 برای آمار توصیفی انجام شد. توافق مثبت ، منفی و درصد کلی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و از نمره KAPPA برای تعیین میزان توافق هر روش با CRS استفاده شد. مقادیر کاپا به شرح زیر تعبیر می شود: 0.01 تا 0.20 برای توافق خفیف ، 0.21 تا 0.40 برای توافق عمومی ، 0.41-0.60 برای توافق متوسط ​​، 0.61-0.80 برای توافق عمده و 0.81-0.99 برای توافق کامل 28.
ترخیص اخلاقی از دانشگاه آدیس آبابا به دست آمد و کلیه پروتکل های تجربی برای این مطالعه توسط هیئت بررسی اخلاق علمی موسسه بهداشت عمومی اتیوپی تصویب شد. شماره مرجع مجوز اخلاق EPHI EPHI/IRB-279-2020 است. تمام روشها مطابق با توصیه ها و مفاد دستورالعمل های جامع ملی اتیوپی برای درمان COVID-19 استفاده شد. علاوه بر این ، رضایت آگاهانه کتبی از کلیه شرکت کنندگان در مطالعه قبل از مشارکت در مطالعه بدست آمد.
تمام داده های به دست آمده یا تجزیه و تحلیل در این مطالعه در این مقاله منتشر شده گنجانده شده است. داده های پشتیبانی از نتایج این مطالعه از نویسنده مربوطه در صورت درخواست معقول در دسترس هستند.
سازمان بهداشت جهانی. توصیه های استراتژی های آزمایش آزمایشگاهی برای COVID-19: راهنمایی موقت ، 21 مارس 2020 شماره WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO ، 2020).
Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، KI Covid-19 تشخیص هوشمند در بخش اورژانس: همه در عمل. Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، KI Covid-19 تشخیص هوشمند در بخش اورژانس: همه در عمل.Muliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. and Gurgulianis ، KI تشخیص هوشمند Covid-19 در بخش اورژانس: همه چیز در عمل.Muliou DS ، Pantazopoulos I. و Gurgulyanis Ki تشخیص هوشمند Covid-19 در بخش های اضطراری: ادغام پایان به پایان در عمل. متخصص تخصصی Reverend. دارو. 3 ، 263-2272 (2022).
Mitchell ، SL & St George ، K. ارزیابی Covid19 ID اکنون EUA ASYAY. Mitchell ، SL & St George ، K. ارزیابی Covid19 ID اکنون EUA ASYAY.میچل ، SL و سنت جورج ، ک.Mitchell SL و St. George K. ارزیابی Covid19 ID Now Eua Asyay. J. بالینی. ویروس. 128 ، 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
سازمان بهداشت جهانی. تشخیص آزمایشگاهی بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) در بیماری مشکوک به انسان. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (دسترسی به 15 اوت 2020) (WHO ، 2020).
Udugama ، B. et al. تشخیص COVID-19: بیماری ها و ابزارهای آزمایش. ACS NANO 14 (4) ، 3822-3835 (2020).
سید س. و همکاران. تأسیس دانشکده آسیب شناسان شرقی ، مرکزی و جنوبی آفریقا - دانشکده منطقه ای آسیب شناسی خاورمیانه و آفریقای جنوبی. آفریقا J. Lab. دارو. 9 (1) ، 1-8 (2020).
انستیتوی بهداشت عمومی اتیوپی ، وزارت بهداشت فدرال. استراتژی ملی و راهنمایی ملی برای تشخیص آزمایشگاهی COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (دسترسی به 12 اوت 2020) (افی ، 2020).
Woloshin ، S. ، Patel ، N. & Kesselheim ، به عنوان آزمایش های منفی کاذب برای چالش ها و پیامدهای عفونت SARS-COV-2. Woloshin ، S. ، Patel ، N. & Kesselheim ، به عنوان آزمایش های منفی کاذب برای چالش ها و پیامدهای عفونت SARS-COV-2.Voloshin S. ، Patel N. و Kesselheim به عنوان آزمایش های منفی کاذب برای عفونت های SARS-COV-2 و عواقب آنها.Voloshin S. ، Patel N. و Kesselheim به عنوان آزمایش های منفی کاذب برای تحریک و تأثیر عفونت SARS-COV-2. N. Eng. J. Medicine. 383 (6) ، E38 (2020).
Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، KI موارد کاذب مثبت و کاذب منفی-19: استراتژی های پیشگیری و مدیریت تنفسی ، واکسیناسیون و دیدگاه های بیشتر. Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، KI موارد کاذب مثبت و کاذب منفی-19: استراتژی های پیشگیری و مدیریت تنفسی ، واکسیناسیون و دیدگاه های بیشتر. mouliou ، ds & gourgoulianis ، ki ложноpожителье и ложнотрицателье ase ، рлчаи covid-19: рreсиаторнаf прооечяффффффффффффLаффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффффф را Вакцинация и дальнейшие Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، Ki موارد منفی مثبت و کاذب کاذب COVID-19: استراتژی های پیشگیری و درمان تنفسی ، واکسیناسیون و راه پیش رو.Muliu ، DS and Gurgulianis ، KI موارد کاذب مثبت و منفی کاذب COVID-19: راهکارهای پیشگیری و درمان تنفسی ، واکسیناسیون و راه پیش رو. متخصص تخصصی Reverend. دارو. 15 (8) ، 993-1002 (2021).
Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. Covid-19 تشخیص در بخش اورژانس: دیدن درخت اما از دست دادن جنگل. Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. Covid-19 تشخیص در بخش اورژانس: دیدن درخت اما از دست دادن جنگل.Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. and Konstantinos ، G. Covid-19 تشخیص در بخش اورژانس: به درخت مراجعه کنید ، جنگل را از دست دهید.تشخیص Muliou DS ، Ioannis P. ، و Konstantinos G. Covid-19 در اتاق های اورژانس: جنگل کافی برای درختان نیست. ظاهر می شود دارو. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-angeli ، E. et al. اعتبار سنجی و اعتبار سنجی عملکرد تحلیلی و بالینی روش Abbott Realtime SARS-COV-2. J. بالینی. ویروس. 129 ، 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Neyestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. مقایسه پنج مجموعه آغازگر از منطقه ژنوم مختلف COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروس توسط RT-PCR معمولی. Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Neyestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. مقایسه پنج مجموعه آغازگر از مناطق مختلف ژنوم Covid-19 برای تشخیص عفونت ویروس توسط RT-PCR معمولی.Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Neyestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. and Aflatunyan ، B. مقایسه پنج مجموعه آغازگر از مناطق مختلف ژنوم COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی توسط RT-PCR معمولی. Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Neyestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Neyestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. مقایسه 5 منطقه ژنتیکی مختلف COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی توسط RT-PCR معمولی.Mollaei HR ، Afshar AA ، Kalantar-Neyestanaki D ، Fazlalipour M. and Aflatunyan B. مقایسه پنج مجموعه آغازگر از مناطق مختلف ژنوم COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی توسط RT-PCR معمولی.ایران J. میکروبیولوژی. 12 (3) ، 185 (2020).
Goertzer ، I. et al. نتایج اولیه برنامه ملی ارزیابی کیفیت خارجی برای تشخیص توالی ژنوم SARS-COV-2. J. بالینی. ویروس. 129 ، 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
وانگ ، م. و همکاران. ارزیابی تحلیلی اثربخشی پنج کیت RT-PCR برای سندرم حاد تنفسی حاد Coronavirus 2. J. Clinical. آزمایشگاه مقعد 35 (1) ، E23643 (2021).
وانگ ب. و همکاران. ارزیابی هفت کیت تشخیص RNA SARS-COV-2 در چین بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز در زمان واقعی (PCR). بالینی شیمیایی آزمایشگاه دارو. 58 (9) ، E149 -E153 (2020).
ون کاسترن ، PB و همکاران. مقایسه هفت کیت تشخیصی RT-PCR Covid-19. J. بالینی. ویروس. 128 ، 104412 (2020).
لو ، یو ، و همکاران. مقایسه عملکرد تشخیصی دو کیت PCR برای تشخیص اسیدهای نوکلئیک SARS-COV-2. J. بالینی. آزمایشگاه مقعد 34 (10) ، E23554 (2020).
LEFART ، PR ، و غیره. یک مطالعه مقایسه ای از چهار سیستم تست تقویت اسید Nucleic SARS-COV-2 (NAAT) نشان داد که عملکرد ID اکنون بسته به نوع بیمار و نمونه به طور قابل توجهی تخریب شده است. تشخیص میکروبیولوژی. آلوده diss 99 (1) ، 115200 (2021).
مولکول Abbott. درج بسته تحلیل Abbott در زمان واقعی SARS-COV-2. https://www.molecular.abbott/us/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12 (از 10 آگوست 2020) (2020).
کلین ، س. و همکاران. جداسازی SARS-COV-2 RNA با استفاده از دانه های مغناطیسی برای تشخیص سریع در مقیاس بزرگ توسط RT-QPCR و RT-LAMP. ویروس 12 (8) ، 863 (2020).