انجام چهار سنجش تقویت اسید نوکلئیک برای شناسایی SARS-CoV-2 در اتیوپی

از بازدید شما از Nature.com سپاسگزاریم. شما از یک نسخه مرورگر با پشتیبانی محدود CSS استفاده می کنید. برای بهترین تجربه، توصیه می کنیم از یک مرورگر به روز شده استفاده کنید (یا حالت سازگاری را در اینترنت اکسپلورر غیرفعال کنید). علاوه بر این، برای اطمینان از پشتیبانی مداوم، سایت را بدون استایل و جاوا اسکریپت نشان می‌دهیم.
چرخ فلکی از سه اسلاید را به طور همزمان نمایش می دهد. از دکمه های قبلی و بعدی برای حرکت در سه اسلاید در یک زمان استفاده کنید یا از دکمه های لغزنده در پایان برای حرکت در سه اسلاید در یک زمان استفاده کنید.
از زمان شیوع بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19)، بسیاری از آزمایش‌های تجاری تقویت اسید نوکلئیک (NAATs) در سراسر جهان توسعه یافته‌اند و به سنجش‌های استاندارد تبدیل شده‌اند. اگرچه چندین آزمایش به سرعت توسعه یافتند و برای آزمایش‌های تشخیصی آزمایشگاهی اعمال شدند، عملکرد این آزمایش‌ها در تنظیمات مختلف ارزیابی نشده است. بنابراین، این مطالعه با هدف ارزیابی عملکرد سنجش‌های Abbott SARS-CoV-2، Daan Gene، BGI و Sansure Biotech با استفاده از استاندارد مرجع مرکب (CRS) انجام شد. این مطالعه از 1 تا 30 دسامبر 2020 در موسسه بهداشت عمومی اتیوپی (EPHI) انجام شد. 164 نمونه نازوفارنکس با استفاده از کیت مینی QIAamp RNA و سیستم آماده‌سازی نمونه DNA Abbott استخراج شد. از 164 نمونه، 59.1٪ مثبت و 40.9٪ برای CRS منفی بودند. مثبت بودن Sansure Biotech در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی پایین بود (05/0p<). مثبت بودن Sansure Biotech در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی پایین بود (05/0p<). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению со CRS (p <0,05). نتایج مثبت Sansure Biotech در مقایسه با CRS به طور قابل توجهی کمتر بود (05/0p<).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）. در Sansure Biotech было значительно کمتر به کمک CRS (p < 0,05). Sansure Biotech به طور قابل توجهی نتایج مثبت کمتری در مقایسه با CRS داشت (05/0p<).توافق کلی چهار تجزیه و تحلیل 96.3-100٪ در مقایسه با CRS بود. علاوه بر نرخ مثبت پایین سنجش Sansure Biotech، عملکرد چهار سنجش تقریباً قابل مقایسه بود. به این ترتیب، سنجش Sansure Biotech [Research Only (RUO)] برای استفاده از آن در اتیوپی به اعتبار بیشتری نیاز دارد. در نهایت، تحقیقات بیشتری باید برای ارزیابی سنجش‌ها با ادعای سازنده مناسب در نظر گرفته شود.
آزمایش آزمایشگاهی بخشی از برنامه استراتژیک سازمان بهداشت جهانی (WHO) برای بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) آمادگی و واکنش (SPRP) است. WHO توصیه می کند که کشورها نیاز به ایجاد ظرفیت آزمایشگاهی برای بهبود آمادگی، مدیریت مناسب موارد، هوشیاری و واکنش سریع به چالش های بهداشت عمومی دارند. این نشان می دهد که نقش آزمایشگاه برای توصیف بیماری و اپیدمیولوژی عوامل عفونی در حال ظهور و کنترل گسترش آنها کلیدی است.
تشخیص کووید-19 به اطلاعات اپیدمیولوژیک و پزشکی، علائم/نشانه‌های شخصی، و داده‌های رادیوگرافی و آزمایشگاهی نیاز دارد. از زمانی که شیوع COVID-19 در ووهان چین گزارش شد، بسیاری از آزمایش‌های تجاری تقویت اسید نوکلئیک (NAATs) در سراسر جهان توسعه یافته‌اند. واکنش زنجیره ای پلیمراز رونویسی معکوس بلادرنگ (rRT-PCR) به عنوان یک روش معمول و استاندارد برای تشخیص آزمایشگاهی عفونت سندرم حاد تنفسی 2 (SARS-CoV-2)3 استفاده شده است. تشخیص مولکولی SARS-CoV-2 معمولاً بر اساس ژن‌های N (ژن پروتئین نوکلئوکپسید)، E (ژن پروتئین پوششی) و RdRp (ژن RNA پلیمراز وابسته به RNA) در ORF1a/b (قاب خواندن باز 1a/b) است. . ژن) ناحیه شناسایی شده از ژنوم ویروسی. آنها به عنوان اصلی ترین مناطق حفاظت شده موجود در ژنوم ویروسی برای شناسایی ویروس در نظر گرفته می شوند. در بین این ژن‌ها، ژن‌های RdRp و E دارای حساسیت تشخیص تحلیلی بالایی هستند، در حالی که ژن N دارای حساسیت تحلیلی پایینی هستند.
عملکرد سنجش PCR ممکن است بسته به عوامل مختلفی مانند: معرف های استخراج، معرف های تقویت/تشخیص، روش استخراج، کیفیت دستگاه PCR و سایر ابزارها متفاوت باشد. تا آوریل 2020، بیش از 48 دستگاه تشخیصی مختلف از 9 کشور مجوز استفاده اضطراری (EUA) را برای تشخیص COVID-196 دریافت کرده‌اند. در اتیوپی، بیش از 14 پلت فرم بلادرنگ PCR برای تشخیص PCR SARS-CoV-2 در 26 موسسه بهداشت عمومی، از جمله ABI 7500، Abbott m2000، Roche 48000 و Quant-studio7 استفاده می شود. علاوه بر این، کیت‌های تست PCR مختلفی مانند تست Daan Gene، تست Abbott SARS-CoV-2، تست Sansure Biotech و تست SARS-CoV-2 BGI در دسترس هستند. اگرچه rRT-PCR بسیار حساس است، برخی از بیماران مبتلا به COVID-19 نتایج منفی کاذب را به دلیل کپی‌های ناکافی از اسید ریبونوکلئیک ویروسی (RNA) در نمونه‌ها به دلیل جمع‌آوری، حمل و نقل، نگهداری و جابجایی نامناسب و آزمایش‌های آزمایشگاهی گزارش می‌کنند. شرایط و اقدامات پرسنل 8. علاوه بر این، استفاده نادرست از نمونه یا کنترل، تنظیم آستانه چرخه (Ct) و واکنش متقابل با سایر اسیدهای نوکلئیک بیماری زا یا RNA غیرفعال/باقیمانده SARS-CoV-2 می تواند منجر به نتایج مثبت کاذب در سنجش rRT-PCR9 شود. بنابراین، واضح است که آزمایش‌های PCR واقعاً می‌توانند حامل‌های قطعات ژنی را شناسایی کنند، زیرا آنها حتی نمی‌توانند بین ژن‌های ویروسی واقعی فعال تمایز قائل شوند، بنابراین آزمایش‌ها فقط می‌توانند ناقلین را شناسایی کنند و نه بیماران را. بنابراین، ارزیابی عملکرد تشخیصی با استفاده از روش‌های استاندارد در محیط ما مهم است. اگرچه بسیاری از معرف های NAAT در مؤسسه بهداشت عمومی اتیوپی (EPHI) و در سراسر کشور در دسترس هستند، هنوز ارزیابی مقایسه ای از اثربخشی آنها گزارش نشده است. بنابراین، این مطالعه با هدف ارزیابی عملکرد مقایسه‌ای کیت‌های تجاری موجود برای تشخیص SARS-CoV-2 توسط rRT-PCR با استفاده از نمونه‌های بالینی انجام شد.
در مجموع 164 شرکت کننده مشکوک به کووید-19 در این مطالعه وارد شدند. اکثر نمونه ها از مراکز درمانی (118/164 = 72٪) بودند، در حالی که 46 نفر (28٪) بقیه شرکت کنندگان از مراکز غیر درمانی بودند. از میان شرکت‌کنندگانی که در مرکز درمان نشدند، 15 نفر (9.1%) موارد مشکوک بالینی و 31 نفر (18.9%) با موارد تایید شده تماس داشتند. نود و سه (56.7%) شرکت کنندگان مرد بودند و میانگین (± انحراف معیار) سن شرکت کنندگان 31.10 (±11.82) سال بود.
در این مطالعه، میزان مثبت و منفی چهار آزمایش برای COVID-19 تعیین شد. بنابراین، میزان مثبت سنجش Abbott SARS-CoV-2، سنجش Daan Gene 2019-nCoV، سنجش SARS-CoV-2 BGI، و سنجش Sansure Biotech 2019-nCoV به ترتیب 59.1٪، 58.5٪، 57.9٪ و 55٪ بود. . نمره استاندارد مرجع مرکب مثبت و منفی (CRS) به ترتیب 97 (59.1%) و 67 (40.9%) بود (جدول 1). در این مطالعه، تعریف CRS بر اساس قانون "هر گونه مثبت" بود، به موجب آن از چهار نتیجه آزمایش، دو یا چند نتیجه آزمایشی که نتیجه یکسانی داشتند، مثبت یا منفی واقعی در نظر گرفته شدند.
در این مطالعه، ما یک توافق درصد منفی (NPA) 100٪ (95٪ CI 94.6-100) برای همه تجزیه و تحلیل ها در مقایسه با CRS پیدا کردیم. تجزیه و تحلیل بیوتکنولوژی Sansure حداقل PPA را 93.8٪ (95٪ CI 87.2-97.1) نشان داد و تجزیه و تحلیل Daan Gene 2019-nCoV توافق کلی 99.4٪ (95٪ CI 96.6-99.9) داشت. در مقابل، توافق کلی بین سنجش SARS-CoV-2 BGI و سنجش Sansure Biotech 2019-nCoV به ترتیب 98.8٪ و 96.3٪ بود (جدول 2).
ضریب توافق کاپا کوهن بین نتایج سنجش CRS و Abbott SARS-CoV-2 کاملاً سازگار بود (K = 1.00). به طور مشابه، مقادیر کاپا کوهن شناسایی شده توسط Daan Gene 2019-nCoV، SARS-CoV-2 BGI، و Sansure Biotech 2019-nCoV نیز کاملاً با CRS (K ≥ 0.925) سازگار است. در این تجزیه و تحلیل مقایسه ای، آزمون کای دو (آزمون مک نمار) نشان داد که نتایج سنجش Sansure Biotech 2019-nCoV به طور قابل توجهی با نتایج CRS متفاوت است (0.031 = p) (جدول 2).
همانطور که در شکل نشان داده شده است.1 درصد کمترین مقدار Ct (< 20 Ct) در روش Abbott SARS-CoV-2 (ژن ترکیبی RdRp و N) 87.6٪ بود و ارزش Ct ژن ORF1a/b در سنجش Sansure Biotech 2019-nCoV نشان داد که درصد پایین مقدار Ct (< 20 Ct) 50.3٪ و مقدار Ct بالا بود (36-40 Ct) 3.2٪ بود. 1 درصد کمترین مقدار Ct (< 20 Ct) در روش Abbott SARS-CoV-2 (ژن ترکیبی RdRp و N) 87.6٪ بود و ارزش Ct ژن ORF1a/b در سنجش Sansure Biotech 2019-nCoV نشان داد که درصد پایین مقدار Ct (< 20 Ct) 50.3٪ و مقدار Ct بالا بود (36-40 Ct) 3.2٪ بود.همانطور که در شکل نشان داده شده است.1، درصد наименьшего значения Ct (< 20 Ct) تجزیه و تحلیل Abbott SARS-CoV-2 (تلفیق ژن RdRp و N) 87.6٪، یک معنی Ct با ORF1a/b تجزیه و تحلیل Sansure Biotech 2019-nCoV (< 20 Ct) تشکیل شده است 50.3٪، و مقدار کل Ct (36-40 Ct) شامل 3.2٪ است. 1، درصد کمترین مقدار Ct (< 20 Ct) تجزیه و تحلیل Abbott SARS-CoV-2 (ژن ترکیبی RdRp و N) 87.6٪ بود و مقدار Ct تجزیه و تحلیل ژن ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV نشان داد. که درصد Ct کم (< 20 Ct) 50.3٪ و Ct با ارزش بالا را تشکیل می دهد. (36-40 Ct) 3.2٪ را تشکیل می دهد.如图1 所示， Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（7<20 Bitech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct (3)的百分比为3.2%. همانطور که در شکل 1 نشان داده شده است، کمترین درصد مقدار Ct (< 20 Ct) تست Abbott SARS-CoV-2 (ترکیب ژن RdRp و N) 87.6٪ است، مقدار Ct ژن ORF1a/b در تست Sansure Biotech 2019-nCoV. Ct پایین را نشان می دهد (< 20 Ct) 的 درصد 50.3% است.高Ct 值(36-40 Ct) 的 درصد 3.2٪ است. چگونه می‌توان در risunke 1، آنالیز Abbott SARS-CoV-2 (با ژن RdRp و N) نام‌گذاری شده فقط به مقدار کمی Ct (< 20 Ct) در حدود 87.6٪، با значение Ct гена ORF1a/b techno ислезе09. - آنالیز nCoV نشان می دهد پایین Ct. همانطور که در شکل 1 نشان داده شده است، سنجش Abbott SARS-CoV-2 (ترکیب ژن های RdRp و N) دارای کمترین درصد مقدار Ct (<20 Ct) با 87.6٪ بود، در حالی که مقدار Ct ژن ORF1a/b در Sansure بود. مطالعه Biotech 2019 - تجزیه و تحلیل nCoV Ct پایین را نشان داد. درصد معنی (< 20 Ct) 50.3% را شامل می شود. درصد مقادیر (< 20 Ct) 50.3٪ و درصد مقادیر Ct بالا (36-40 Ct) 3.2٪ بود.تست Abbott SARS-CoV-2 B مقادیر Ct بالای 30 را ثبت کرد. از سوی دیگر، در آزمایش BGI SARS-CoV-2 ژن ORF1a/b دارای مقدار Ct بالا (> 36 Ct) درصد 4٪ بود (شکل 1). از سوی دیگر، در آزمایش BGI SARS-CoV-2 ژن ORF1a/b دارای مقدار Ct بالا (> 36 Ct) درصد 4٪ بود (شکل 1). در تجزیه و تحلیل BGI SARS-CoV-2 ژن ORF1a/b با مقدار Ct (> 36 Ct)، درصد ضریب تشکیل 4% (ریس. 1). از سوی دیگر، در تجزیه و تحلیل ژن BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b دارای مقدار Ct بالایی (> 36 Ct) بود که درصد آن 4٪ بود (شکل 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比中 از سوی دیگر، در تشخیص BGI SARS-CoV-2، درصد ژن ORF1a/b با مقدار Ct بالا (>36 Ct) 4 درصد است (شکل 1). در تجزیه و تحلیل BGI SARS-CoV-2، ORF1a/b با مشخصه های Ct (>36 Ct) 4% (ریس. 1) را تجزیه و تحلیل کرد. از سوی دیگر، در تجزیه و تحلیل BGI SARS-CoV-2، درصد ژن های ORF1a/b با مقادیر Ct بالا (بیش از 36 Ct) 4٪ بود (شکل 1).
در این مطالعه 164 نمونه نازوفارنکس برداشتیم. برای همه انواع سنجش، جداسازی و تقویت RNA با استفاده از روش ها و کیت های توصیه شده توسط سازندگان مربوطه انجام شد.
این مطالعه نشان داد که تست ابوت برای SARS-CoV-2 عملکرد تشخیصی مشابهی با CRS دارد، با 100٪ تطابق مثبت، منفی و کلی. توافق کاپا کوهن 1.00 است که نشان دهنده توافق کامل با CRS است. مطالعه مشابهی توسط دانشگاه واشنگتن در ایالات متحده نشان داد که حساسیت و ویژگی کلی تست ابوت برای SARS-CoV-2 در مقایسه با روش تعیین شده آزمایشگاهی (LDA) CDC به ترتیب 93% و 100% بود. . 11. سیستم تشخیص Abbott SARS-CoV-2 مبتنی بر تشخیص ترکیبی همزمان ژن‌های N و RdRp است، زیرا هر دو ژن حساس‌تر هستند و منفی‌های کاذب را به حداقل می‌رسانند. مطالعه ای در وین، اتریش همچنین نشان داد که حجم نمونه استخراج بزرگ و حجم مایع شوینده آشکارسازی اثرات رقت را به حداقل رسانده و کارایی تشخیص را افزایش می دهد. بنابراین، تطابق کامل ابوت برای سنجش SARS-CoV-2 می‌تواند با یک سیستم تشخیص پلت فرم که به طور همزمان ژن‌های ترکیبی را شناسایی می‌کند، تعداد زیادی نمونه (۰.۵ میلی‌لیتر) استخراج می‌کند و از مقدار زیادی ماده شوینده (۴۰ میکرولیتر) استفاده می‌کند، مرتبط باشد.
نتایج ما همچنین نشان داد که عملکرد تشخیص آزمایش ژنتیکی Daan تقریباً مشابه با CRS بود. این با مطالعه 14 انجام شده در دانشگاه آنهویی در Huainan، چین و ادعای سازنده 100٪ موافقت مثبت مطابقت دارد. علیرغم گزارش‌های مربوط به نتایج ثابت، یک نمونه پس از آزمایش مجدد همان محلول منفی کاذب بود، اما در سنجش‌های Abbott SARS-CoV-2 و Sansure Biotech nCoV-2019 مثبت بود. این نشان می دهد که ممکن است تنوع در نتایج در انواع مختلف سنجش وجود داشته باشد. با این وجود، در مطالعه انجام شده در China15، نتیجه سنجش ژن Daan در مقایسه با روش مرجع تعریف شده آزمایشگاهی آنها به طور قابل توجهی متفاوت بود (05/0p<). با این وجود، در مطالعه انجام شده در China15، نتیجه سنجش ژن Daan در مقایسه با روش مرجع تعریف شده آزمایشگاهی آنها به طور قابل توجهی متفاوت بود (05/0p<). این موضوع را نمی توانم، در исследовании، به دست آورد در کیتای15، نتیجه تجزیه و تحلیل Daan Gene معنی دار نیست (p < 0,05) از تجزیه و تحلیل آزمایشگاهی است. با این حال، در یک مطالعه در چین 15، نتیجه تجزیه و تحلیل Daan Gene به طور قابل توجهی متفاوت از آنالیز مرجع آزمایشگاهی آنها بود (05/0p<).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако во исследовании, проведенном во Китае15, نتیجه آزمایش ژنتیکی Daan معنی دار (p < 0,05) در رابطه با تست ژنتیکی است. با این حال، در یک مطالعه در China15، نتایج آزمایش ژنتیکی Daan در مقایسه با آزمایش آزمایشگاهی مرجع آن تفاوت معنی‌داری داشت (05/0p<).این اختلاف ممکن است به دلیل حساسیت تست مرجع برای تشخیص SARS-CoV-2 باشد و ممکن است مطالعات بیشتر برای تعیین علت مهم باشد.
علاوه بر این، مطالعه ما عملکرد مقایسه‌ای سنجش SARS-CoV-2 BGI را با CRS ارزیابی کرد، که درصد توافق مثبت عالی (PPA = 97.9٪)، درصد توافق منفی (NPA = 100٪)، و درصد توافق کلی بر اساس جنسیت را نشان می‌دهد. OPA). ). = 98.8٪. مقادیر کاپا کوهن توافق خوبی را نشان داد (K = 0.975). مطالعات در هلند 16 و چین 15 نتایج ثابتی را نشان داده است. تست SARS-CoV-2 BGI یک آزمایش تشخیص تک ژنی (ORF1a/b) با استفاده از 10 میکرولیتر شستشوی تقویت/تشخیص است. علیرغم توافق آماری خوب با نتایج مرجع ما، تجزیه و تحلیل دو نمونه مثبت (1.22٪) از کل نمونه را از دست داد. این می تواند پیامدهای بالینی بزرگی برای پویایی انتقال در هر دو سطح بیمار و جامعه داشته باشد.
تجزیه و تحلیل مقایسه ای دیگری که در این مطالعه گنجانده شده است، سنجش rRT-PCR (RUO) Sansure Biotech nCoV-2019 بود. درصد بازی کلی 96.3٪ بود. قدرت توافق نیز توسط مقدار کاپا کوهن تعیین شد که 0.925 بود که نشان دهنده توافق کامل با CRS است. باز هم، نتایج ما مشابه مطالعات انجام شده در دانشگاه مرکزی جنوبی در چانگشا، چین، و در بخش آزمایشگاه بالینی بیمارستان مردم لیوژو، شهر لیوژو، چین است. حتی اگر تطابق آماری خوب فوق ثبت شد، آزمون کای دو (آزمون مک نمار) نشان داد که نتیجه سنجش بیوتک Sansure تفاوت آماری معنی‌داری در مقایسه با CRS داشته است (005/0p<). حتی اگر تطابق آماری خوب فوق ثبت شد، آزمون کای دو (آزمون مک نمار) نشان داد که نتیجه سنجش بیوتک Sansure تفاوت آماری معنی‌داری در مقایسه با CRS داشته است (005/0p<). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Манемара) نشان می دهد، چه результат تجزیه و تحلیل Sansure Biotech nameet статистически позначај смое различи (0). اگرچه توافق آماری خوبی در بالا ثبت شد، اما آزمون کای دو (آزمون مک نمار) نشان داد که نتیجه سنجش Sansure Biotech تفاوت آماری معنی‌داری در مقایسه با CRS دارد (005/0p<).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异（p <0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ماکنمار结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005.......... Несмотря на отмеченное بیشتر хорошее статистическое совети، معیارهای هي-کوارات (کريتريй Манемара) نشان می دهد مواد غذایی بسیار مهم (p < 0,005) بین آنالیزوم Sansure Biotech و CRS. علیرغم توافق آماری خوب ذکر شده در بالا، آزمون کای اسکوئر (آزمون مک نمار) تفاوت آماری معنی داری (005/0p<) را بین سنجش Sansure Biotech و CRS نشان داد.شش نمونه (3.66%) در مقایسه با CRS منفی کاذب بودند (جدول تکمیلی 1). این بسیار مهم است، به ویژه با توجه به پویایی انتقال ویروس. داده های فوق از این نرخ تشخیص پایین نیز پشتیبانی می کنند.
در این مطالعه، مقادیر Ct برای هر سنجش و پلت فرم مربوطه، با کمترین میانگین مقدار Ct گزارش شده در سنجش Abbott SARS-CoV-2 تعیین شد. این نتیجه ممکن است مربوط به سیستم آزمایش ژنتیکی ترکیبی همزمان ابوت برای تشخیص SARS-CoV-2 باشد. بنابراین، طبق شکل 1، 87.6٪ از نتایج Abbott SARS-CoV-2 دارای مقادیر Ct زیر 20 بودند. فقط تعداد کمی از نتایج نمونه (12.4٪) در محدوده 20-30 قرار داشتند. مقادیر Ct بالای 30 ثبت نشد. علاوه بر استفاده ابوت از قالب آزمایش ژنتیکی پانل SARS-CoV-2، این نتیجه ممکن است مربوط به حد تشخیص پایین تر (32.5 کپی RNA در میلی لیتر) 18 باشد که سه برابر کمتر از حد پایین تر 100 نسخه RNA شرکت است. / میلی لیتر. میلی لیتر) 19.
این مطالعه محدودیت‌هایی دارد: اولاً، به دلیل کمبود منابع، روش‌های استاندارد/مرجع [مانند بار ویروسی یا سایر آزمایش‌های آزمایشگاهی (LDA)] نداریم. ثانیاً، تمام نمونه‌های مورد استفاده در این مطالعه سواب‌های نازوفارنکس بودند، در حالی که نتایج برای نمونه‌های دیگر قابل اجرا نبود و سوم، حجم نمونه ما کوچک بود.
این مطالعه عملکرد چهار سنجش rRT-PCR را برای SARS-CoV-2 با استفاده از نمونه‌های نازوفارنکس مقایسه کرد. همه سنجش‌های تشخیص عملکرد تقریباً مشابهی داشتند، به استثنای سنجش Sansure Biotech. علاوه بر این، نرخ مثبت پایین در روش Sansure Biotech در مقایسه با CRS شناسایی شد (05/0p<). علاوه بر این، نرخ مثبت پایین در روش Sansure Biotech در مقایسه با CRS شناسایی شد (05/0p<). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению со CRS (p < 0,05). علاوه بر این، تست Sansure Biotech درصد پایینی از نتایج مثبت را در مقایسه با CRS نشان داد (05/0p<).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05). Кроме того، تجزیه و تحلیل Sansure Biotech namel بیشتر از حد پایین است که به کمک CRS (p < 0,05). علاوه بر این، سنجش Sansure Biotech نرخ مثبت کمتری در مقایسه با CRS داشت (05/0p<).تجزیه و تحلیل Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA، NPA و توافق کلی با قدرت توافق کوهن کاپا 0.925 از 93.5 درصد فراتر رفت. در نهایت، سنجش بیوتکنولوژی Sansure (RUO) برای استفاده در اتیوپی به اعتبار بیشتری نیاز دارد، و تحقیقات بیشتری باید برای ارزیابی ادعاهای تولیدکنندگان جداگانه در نظر گرفته شود.
طراحی مطالعه مقایسه ای در چهار مرکز بهداشتی در آدیس آبابا، بیمارستان Eka Kotebe، مرکز درمان کلیسای هزاره، بیمارستان یادبود Zewooditu، و بیمارستان تخصصی سل سنت پیتر انجام شد. داده‌ها بین 1 تا 31 دسامبر 2020 جمع‌آوری شد. امکانات پزشکی این مطالعه بر اساس تعداد بالای موارد و در دسترس بودن مراکز درمانی اصلی در شهر به‌طور هدفمند انتخاب شدند. به طور مشابه، ابزارها، از جمله ابزارهای PCR بلادرنگ ABI 7500 و Abbott m2000، بر اساس توصیه‌های سازندگان معرف NAAT انتخاب شدند و چهار کیت تشخیص PCR برای این مطالعه انتخاب شدند، زیرا اکثر آزمایشگاه‌ها در اتیوپی حداقل از حداقل استفاده می‌کردند. چهار نفر از آنها تست ژن، تست Abbott SARS-CoV-2، تست Sansure Biotech و تست SARS-CoV-2 BGI در طول مطالعه انجام شد.
آزمایش SARS-CoV-2 از 1 تا 30 دسامبر 2020 با استفاده از 3 میلی‌لیتر محیط انتقال ویروسی (VTM) (Miraclean Technology، شنژن، چین) از افراد تحت بررسی برای COVID-19 ارجاع به EPHI انجام شد. نمونه های نازوفارنکس توسط جمع آوری کننده های نمونه آموزش دیده جمع آوری و در بسته های سه گانه به EPHI ارسال شد. قبل از جداسازی اسید نوکلئیک، به هر نمونه یک شماره شناسایی منحصر به فرد اختصاص داده می شود. استخراج از هر نمونه بلافاصله پس از رسیدن با استفاده از روش های استخراج دستی و خودکار انجام می شود. بنابراین، برای استخراج خودکار Abbott m2000، 1.3 میلی لیتر (شامل 0.8 میلی لیتر حجم مرده و 0.5 میلی لیتر حجم ورودی استخراج) از نمونه از هر نمونه استخراج شد و از طریق سیستم آماده سازی نمونه DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines، IL، ایالات متحده آمریکا). ) دسته ای از 96 [92 نمونه، دو کنترل تشخیص و دو کنترل غیرالگو (NTC)] در فرآیند کلی (بازیابی و تشخیص) دو دور SARS-CoV-2 (EUA) در زمان واقعی گنجانده شد. معدن. به همین ترتیب، برای استخراج دستی، از همان نمونه ها (برای استخراج و کشف خودکار) استفاده کنید. بنابراین، در طول فرآیند، نمونه‌های 140 میکرولیتری با استفاده از کیت کوچک RNA ویروسی QIAamp (QIAGEN GmbH، Hilden، آلمان) در دسته‌های 24 (شامل 20 نمونه، دو کنترل سنجش و دو NTC) در 9 دور استخراج و استخراج شدند. شستشوهای استخراج شده به صورت دستی با استفاده از یک سیکلر حرارتی ABI 7500 با استفاده از روش SARS-CoV-2 BGI، سنجش Daan Gene و سنجش Sansure Biotech تکثیر و شناسایی شدند.
جداسازی و خالص‌سازی خودکار RNA ویروسی SARS-CoV-2 از اصل مهره‌های مغناطیسی با استفاده از معرف‌های آماده‌سازی نمونه DNA Abbott پیروی می‌کند. غیرفعال سازی نمونه ها و حل شدن ذرات ویروسی با استفاده از یک شوینده حاوی گوانیدین ایزوتیوسیانات برای دناتوره کردن پروتئین و غیرفعال کردن RNase انجام می شود. سپس RNA با جداسازی فاز جامد با استفاده از سیلیس از پروتئین جدا می‌شود، یعنی نمک گوانیدینیم و pH قلیایی بافر لیز باعث اتصال اسیدهای نوکلئیک به سیلیس (SiO2) می‌شود. مرحله شستشو پروتئین ها و مواد زائد باقیمانده را حذف می کند تا یک محلول شفاف تولید شود. RNA شفاف از میکروذرات مبتنی بر سیلیس با استفاده از میدان مغناطیسی دستگاه جدا می شود. از سوی دیگر، جداسازی و خالص سازی دستی RNA به روش ستون اسپین با استفاده از سانتریفیوژ به جای پایه مغناطیسی و جداسازی ریز ذرات از شوینده انجام می شود.
آزمایش تشخیص سریع SARS-CoV-2 Abbott (Abbott Molecular, Inc.) طبق دستورالعمل سازنده انجام شد که EUA19,22 را از WHO و FDA دریافت کرد. در این پروتکل، غیرفعال سازی نمونه قبل از استخراج در حمام آب در دمای 56 درجه سانتی گراد به مدت 30 دقیقه انجام شد. پس از غیرفعال‌سازی ویروس، استخراج اسید نوکلئیک بر روی دستگاه Abbott m2000 SP از 0.5 میلی‌لیتر VTM با استفاده از سیستم آماده‌سازی نمونه DNA Abbott m2000 انجام شد. طبق گفته سازنده تکثیر و تشخیص با استفاده از ابزار Abbott m2000 RT-PCR و تشخیص دوگانه برای ژن‌های RdRp و N انجام شد. ROX) و VIC P (رنگ اختصاصی) برای هدف‌گیری و تشخیص کنترل‌های داخلی، که امکان تشخیص همزمان هر دو محصول تقویتی را فراهم می‌کند.
روش تشخیص تقویت این کیت بر اساس تکنولوژی تک مرحله ای RT-PCR می باشد. ژن‌های ORF1a/b و N به‌عنوان مناطق حفاظت‌شده توسط فناوری ژن Daan برای تشخیص تقویت ناحیه هدف انتخاب شدند. پرایمرهای خاص و پروب های فلورسنت (پروب های ژن N نشاندار شده با FAM، پروب های ORF1a/b نشاندار شده با VIC) برای شناسایی RNA SARS-CoV-2 در نمونه ها طراحی شده اند. شوینده نهایی و مخلوط اصلی با افزودن 5 میکرولیتر شوینده به 20 میکرولیتر از مخلوط اصلی تا حجم نهایی 25 میکرولیتر تهیه شد. تقویت و تشخیص به طور همزمان بر روی دستگاه PCR واقعی ABI 750024 انجام شد.
ژن‌های ORF1a/b و N با استفاده از کیت تشخیصی اسید نوکلئیک Sansure Biotech nCoV-2019 (تشخیص PCR فلورسنت) شناسایی شدند. با انتخاب کانال FAM برای ناحیه ORF1a/b و کانال ROX برای ژن N، پروب های خاصی را برای هر ژن هدف آماده کنید. به این کیت سنجش، شوینده ها و معرف های مخلوط اصلی به شرح زیر اضافه می شوند: 30 میکرولیتر معرف مخلوط اصلی و 20 میکرولیتر نمونه شسته شده برای تشخیص/تقویت آماده کنید. Real-time PCR ABI 750025 برای تقویت/تشخیص استفاده شد.
تست SARS-CoV-2 BGI یک کیت rRT-PCR در زمان واقعی فلورسنت برای تشخیص COVID-19 است. منطقه هدف در ناحیه ORF1a/b ژنوم SARS-CoV-2 قرار دارد که یک روش تشخیص تک ژنی است. علاوه بر این، ژن بتا اکتین خانه داری انسان یک ژن هدف تنظیم شده داخلی است. مخلوط اصلی با مخلوط کردن 20 میکرولیتر از معرف مخلوط اصلی و 10 میکرولیتر از نمونه RNA استخراج شده در یک صفحه چاهی تهیه می شود. یک دستگاه PCR کمی فلورسنت ABI 7500 برای تقویت و تشخیص استفاده شد. تمامی تکثیر اسید نوکلئیک، شرایط اجرای PCR برای هر سنجش و تفسیر نتایج طبق دستورالعمل سازنده مربوطه انجام شد (جدول 3).
در این تحلیل مقایسه ای، ما از روش استاندارد مرجع برای تعیین درصد توافق (مثبت، منفی و کلی) و سایر پارامترهای مقایسه برای چهار تحلیل استفاده نکردیم. هر تست مقایسه با CRS انجام شد، در این مطالعه CRS با قاعده "هرگونه مثبت" تنظیم شد و نتیجه مشخص شد، نه با یک تست، حداقل از دو نتیجه تست همسان استفاده کردیم. علاوه بر این، در مورد انتقال COVID-19، نتایج منفی کاذب خطرناک تر از نتایج مثبت کاذب است. بنابراین، برای گفتن "مثبت" تا حد امکان از یک نتیجه CRS، حداقل دو آزمایش سنجش باید مثبت باشد، به این معنی که حداقل یک نتیجه مثبت احتمالاً از یک آزمایش EUA حاصل می شود. بنابراین، از چهار نتیجه آزمایش، دو یا چند نتیجه آزمایشی که نتیجه یکسانی دارند، مثبت یا منفی واقعی در نظر گرفته می شوند18،27.
داده‌ها با استفاده از فرم‌های استخراج ساختار یافته جمع‌آوری شد، ورود و تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار آماری Excel و برای آمار توصیفی SPSS نسخه 23.0 انجام شد. توافق مثبت، منفی و درصد کلی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و از نمره کاپا برای تعیین میزان توافق هر روش با CRS استفاده شد. مقادیر کاپا به صورت زیر تفسیر می شوند: 0.01 تا 0.20 برای توافق خفیف، 0.21 تا 0.40 برای توافق کلی، 0.41-0.60 برای توافق متوسط، 0.61-0.80 برای توافق عمده و 0.81-0.99 برای توافق کامل28.
مجوز اخلاقی از دانشگاه آدیس آبابا به دست آمد و تمام پروتکل های تجربی برای این مطالعه توسط هیئت بازبینی اخلاق علمی موسسه بهداشت عمومی اتیوپی تایید شد. شماره مرجع مجوز EPHI Ethics EPHI/IRB-279-2020 است. همه روش‌ها مطابق با توصیه‌ها و مفاد دستورالعمل‌های جامع ملی اتیوپی برای درمان کووید-19 اعمال شد. علاوه بر این، رضایت کتبی آگاهانه از همه شرکت کنندگان در مطالعه قبل از شرکت در مطالعه اخذ شد.
تمام داده های به دست آمده یا تجزیه و تحلیل شده در این مطالعه در این مقاله منتشر شده گنجانده شده است. داده های حمایت کننده از نتایج این مطالعه در صورت درخواست معقول از نویسنده مربوطه در دسترس است.
سازمان بهداشت جهانی. توصیه‌هایی برای استراتژی‌های آزمایش آزمایشگاهی برای COVID-19: راهنمایی موقت، 21 مارس 2020 شماره WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO، 2020).
Mouliou، DS، Pantazopoulos، I. & Gourgoulianis، تشخیص هوشمند KI COVID-19 در بخش اورژانس: همه کاره در عمل. Mouliou، DS، Pantazopoulos، I. & Gourgoulianis، تشخیص هوشمند KI COVID-19 در بخش اورژانس: همه کاره در عمل.Muliou، DS، Pantazopoulos، I. و Gurgulianis، KI تشخیص هوشمند COVID-19 در بخش اورژانس: همه چیز در عمل.Muliou DS، Pantazopoulos I. و Gurgulyanis KI تشخیص هوشمند COVID-19 در بخش‌های اورژانس: یکپارچه‌سازی سرتاسر در عمل. کارشناس کشیش تنفس. دارو. 3، 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. ارزیابی سنجش COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. ارزیابی سنجش COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL and St. George, K. ارزیابی سنجش COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL و St. George K. ارزیابی سنجش COVID19 ID NOW EUA. J. بالینی. ویروس. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
سازمان بهداشت جهانی. تشخیص آزمایشگاهی بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) در بیماری مشکوک به انسان. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (دسترسی در 15 اوت 2020) (WHO، 2020).
اودوگاما، بی و همکاران. تشخیص COVID-19: بیماری ها و ابزارهای آزمایش. ACS Nano 14(4)، 3822–3835 (2020).
سید اس و همکاران تأسیس کالج آسیب شناسان آفریقای شرقی، مرکزی و جنوبی – دانشکده منطقه ای آسیب شناسی خاورمیانه و آفریقای جنوبی. آفریقا آزمایشگاه جی. دارو. 9 (1)، 1-8 (2020).
موسسه بهداشت عمومی اتیوپی، وزارت بهداشت فدرال. راهبرد ملی و راهنمایی موقت برای تشخیص آزمایشگاهی COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (دسترسی در 12 اوت 2020) (EPHI، 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS تست های منفی کاذب برای چالش ها و پیامدهای عفونت SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS تست های منفی کاذب برای چالش ها و پیامدهای عفونت SARS-CoV-2.آزمایش‌های Voloshin S.، Patel N. و Kesselheim AS برای عفونت‌های SARS-CoV-2 و پیامدهای آن‌ها با منفی کاذب.تست‌های Voloshin S.، Patel N. و Kesselheim AS منفی کاذب برای تحریک و تأثیر عفونت SARS-CoV-2. N. eng. جی. پزشکی. 383 (6)، e38 (2020).
Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI موارد مثبت و منفی کاذب COVID-19: راهبردهای پیشگیری و مدیریت تنفسی، واکسیناسیون، و دیدگاه‌های بیشتر. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI موارد مثبت و منفی کاذب COVID-19: راهبردهای پیشگیری و مدیریت تنفسی، واکسیناسیون، و دیدگاه‌های بیشتر. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Loжноположительные и ложноотрицательные موارد COVID-19: محافظная профилактика و استراتژی лечения, بیماری و بیماری. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI موارد مثبت و منفی کاذب COVID-19: راهبردهای پیشگیری و درمان تنفسی، واکسیناسیون و راه پیش رو.Muliu، DS و Gurgulianis، KI موارد مثبت و منفی کاذب COVID-19: استراتژی‌هایی برای پیشگیری و درمان تنفسی، واکسیناسیون و راه پیش رو. کارشناس کشیش تنفس. دارو. 15 (8)، 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. تشخیص COVID-19 در بخش اورژانس: دیدن درخت اما از دست دادن جنگل. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. تشخیص COVID-19 در بخش اورژانس: دیدن درخت اما از دست دادن جنگل.Mouliou، DS، Ioannis، P. and Konstantinos، G. تشخیص کووید-19 در بخش اورژانس: درخت را ببینید، جنگل را از دست بدهید.Muliou DS، Ioannis P. و Konstantinos G. COVID-19 Diagnosis in the Emergency Rooms: جنگل کافی برای درختان نیست. ظاهر شود. دارو. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli، E. et al. اعتبار سنجی و اعتبارسنجی عملکرد تحلیلی و بالینی سنجش Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. بالینی. ویروس. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
مولایی، HR، افشار، AA، کلانتر نیستانکی، د.، فضلعلی پور، م. و افلاطونیان، ب. مقایسه پنج مجموعه پرایمر از مناطق مختلف ژنومی COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی با RT-PCR معمولی. مولایی، HR، افشار، AA، کلانتر نیستانکی، د.، فضلعلی پور، م. و افلاطونیان، ب. مقایسه پنج مجموعه پرایمر از مناطق مختلف ژنومی COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی با RT-PCR معمولی.مولایی، HR، افشار، AA، کلانتر نیستانکی، د.، فضلعلی پور، م. و افلاطونیان، ب. مقایسه پنج مجموعه پرایمر از مناطق مختلف ژنوم COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی با RT-PCR معمولی. ملایی، HR، افشار، AA، کلانتر-نیستانکی، D.، فضلعلی پور، M. & Aflatoonian، B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 مولایی، HR، افشار، AA، کلانتر نیستانکی، د.، فضلعلی پور، م. و افلاطونیان، ب. مقایسه 5 ناحیه ژنتیکی مختلف COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی با روش RT-PCR معمولی.مولایی HR، افشار علیرضا، کلانتر نیستانکی دی، فضلعلی پور م. و افلاطونیان ب. مقایسه پنج مجموعه پرایمر از مناطق مختلف ژنوم COVID-19 برای تشخیص عفونت ویروسی با روش RT-PCR معمولی.ایران. جی میکروبیولوژی. 12 (3)، 185 (2020).
گورتزر، آی و همکاران. نتایج اولیه برنامه ملی ارزیابی کیفیت خارجی برای تشخیص توالی ژنوم SARS-CoV-2. J. بالینی. ویروس. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
وانگ، ام و همکاران. ارزیابی تحلیلی اثربخشی پنج کیت RT-PCR برای کروناویروس سندرم تنفسی حاد 2. J. Clinical. آزمایشگاه مقعد 35 (1)، e23643 (2021).
وانگ بی و همکاران ارزیابی هفت کیت تشخیص RNA SARS-CoV-2 تجاری موجود در چین بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز بلادرنگ (PCR). بالینی شیمیایی. آزمایشگاه دارو. 58 (9)، e149–e153 (2020).
ون کاسترن، پی بی و همکاران. مقایسه هفت کیت تجاری تشخیصی RT-PCR COVID-19. J. بالینی. ویروس. 128, 104412 (2020).
لو، یو و همکاران مقایسه عملکرد تشخیصی دو کیت PCR برای تشخیص اسیدهای نوکلئیک SARS-CoV-2. J. بالینی. آزمایشگاه مقعد 34 (10)، e23554 (2020).
Lefart، PR، و غیره. یک مطالعه مقایسه ای روی چهار پلت فرم تست تقویت اسید نوکلئیک SARS-CoV-2 (NAAT) نشان داد که عملکرد ID NOW بسته به نوع بیمار و نمونه به طور قابل توجهی کاهش یافته است. تشخیص میکروبیولوژی آلوده کردن دیس 99 (1)، 115200 (2021).
مولکول ابوت درج بسته تحلیل SARS-CoV-2 بلادرنگ Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (از 10 اوت 2020) (2020).
کلاین، اس و همکاران. جداسازی RNA SARS-CoV-2 با استفاده از مهره های مغناطیسی برای تشخیص سریع در مقیاس بزرگ توسط RT-qPCR و RT-LAMP. ویروس 12 (8)، 863 (2020).